三、《辦法》實施后原有的規章制度是否還繼續執行？
《辦法》于2015年10月1日起實施后，各級食品藥品監督管理部門應當嚴格按照《辦法》有關規定，開展食品生產許可申請、受理、審查、決定和證書的發放、變更、延續、補辦、注銷以及食品生產許可工作監督檢查等，全面組織貫徹執行新的食品生產許可制度。國家食品藥品監管總局正在抓緊制修訂食品、食品添加劑、保健食品的審查通則和細則等許可的技術文件，即將陸續公布，在公布前原有食品、食品添加劑、保健食品生產許可審查通則、細則等還繼續有效，但是其有關規定與本《辦法》不一致的，應當以本《辦法》規定為準。
四、《辦法》實施后，如何按照“一企一證”原則提交許可申請？
為了方便企業申請，《辦法》對生產許可作了重大調整，將原有的按食品品種許可，調整為按照企業主體許可，將以前的一個企業多張證書，調整為一個企業一張證書。食品生產者申請食品生產許可時，應當按照省級食品藥品監督管理部門確定的食品生產許可管理權限，向食品藥品監督管理部門提交生產許可、變更、延續申請。食品生產者生產多類別食品的，應當按照省級食品藥品監督管理部門確定的食品生產許可管理權限，向省、市或者縣級的一個食品藥品監督管理部門一并提出申請。
五、《辦法》實施后，監管部門如何按照“一企一證”原則審批發證？
食品藥品監督管理部門受理申請后，應當按照《辦法》的規定，組織審查、作出決定。食品生產者生產多類別食品的，應當按照省級食品藥品監督管理部門確定的食品生產許可管理權限，向省、市或者縣級食品藥品監督管理部門一并提出申請。其中，許可事項非受理部門審批權限的，受理部門應當及時告知有相應審批權限的食品藥品監督管理部門，組織聯合審查，按照規定時限作出決定，由受理申請的食品藥品監督管理部門根據決定頒發食品生產許可證書，并在副本中注明許可生產的食品類別。
六、《辦法》實施后，如何理解新的食品生產許可證編號中的“食品類別編碼”？
食品、食品添加劑類別編碼由3位數字標識，具體為：第1位數字代表食品、食品添加劑生產許可識別碼，阿拉伯數字“1”代表食品、阿拉伯數字“2”代表食品添加劑。第2、3位數字代表食品、食品添加劑類別編號。其中食品類別編號按照《食品生產許可管理辦法》第十一條所列食品類別順序依次標識，即：“01”代表糧食加工品，“02”代表食用油、油脂及其制品，“03”代表調味品，以此類推……，“27”代表保健食品，“28”代表特殊醫學用途配方食品，“29”代表嬰幼兒配方食品，“30”代表特殊膳食食品，“31”代表其他食品。食品添加劑類別編號標識為：“01”代表食品添加劑，“02”代表食品用香精，“03”代表復配食品添加劑。